Der erste Schritt auf europäischer Ebene wurde mit der Ersten Europäischen Ökumenischen Versammlung (EÖV1) in Basel 1989 mit dem Thema "Frieden in Gerechtigkeit" vollzogen. Auslöser war der Aufruf der Vollversammlung des Ökumenischen Rates der Kirchen (ÖRK) in Vancouver 1983 in einen konziliaren Prozess für Frieden, Gerechtigkeit und Bewahrung der Schöpfung einzutreten.
Die Ende 1989 folgenden revolutionären Veränderungen in Mittel- und Osteuropa boten in unerwarteter Weise die Chance, gesamt-europäische Optionen zu denken und zu gestalten. Aber es galt auch, sich mit den unterschiedlichen wirtschaftlichen, politischen, sozialen und auch konfessionellen Spannungen auseinander zu setzen. Thema der Zweiten Europäischen Ökumenischen Versammlung (EÖV2) 1997 in Graz war "Versöhnung, Gabe Gottes und Quelle neuen Lebens". Aus dieser Versammlung wurde die Idee einer Charta Oecumenica geboren, mit der Handlungsempfehlung: "Wir empfehlen den Kirchen ein gemeinsames Dokument zu erarbeiten, das grundlegende ökumenische Pflichten und Rechte enthält und daraus eine Reihe von ökumenischen Richtlinien, Regeln und Kriterien ableitet, die den Kirchen, ihren Verantwortlichen und allen Gliedern helfen, zwischen Proselytismus und christlichem Zeugnis sowie zwischen Fundamentalismus und echter Treue zum Glauben zu unterscheiden und schließlich die Beziehungen zwischen Mehrheits- und Minderheitskirchen in ökumenischem Geist zu gestalten" .
Eine Arbeitsgruppe aus jeweils 4 Mitgliedern der Konferenz Europäischer Kirchen (KEK) und des Rates der Europäischen Bischofskonferenzen (CCEE) erstellte einen ersten Entwurf. In den Mitgliedskirchen der KEK und CCEE wurde er dann in Nord-, Süd-, West- und Osteuropa diskutiert.
Am 21. April 2001 wurde die endgültige Fassung von dem orthodoxen Metropolit Jérémie , Präsidenten der KEK, und von Kardinal Miroslov Vlk, Präsident der CCEE, in Straßburg im Rahmen einer ökumenischen Begegnung unterzeichnet. Die ökumenische Feier in Straßburg, das Miteinander von Jugendlichen und leitenden Geistlichen, die Aussendung in alle Regionen Europas – all das sollte zeichenhafte Bedeutung für den weiteren Weg mit der Charta haben.
